La ciudad está situada en un enclave de gran importancia estratégica.

Existen numerosos yacimientos arqueológicos que delatan la presencia de pobladores humanos durante el Neolítico, posiblemente pastores nómadas que moran ocasionalmente en cuevas de la zona o en cabañas al aire libre.

3000 a. c. Los pobladores nómadas se vuelven estables. Trabajan ya metales como el cobre, utilizan vasijas de cerámica y viven en cabañas de planta circular.

Siglo II a.c. Se produce la conquista romana.

De esta época son los primeros restos de la ciudad encontrados en el Cerro de La Mota, aunque es cierto que las construcciones romanas han podido borrar el rastro de cualquier otro tipo de asentamiento ibérico anterior.

De la época romana es la estatua de Heracles (Hércules) encontrada en La Tejuela.

Y según Stilow el topónimo romano Sucaelo se corresponde a la ciudad actual.

713. Llegan a la zona los primeros pobladores musulmanes en forma de clanes, principalmente los Banu Yahsub y los Banu Said.

La población se llama originalmente Qal'at, vocablo árabe que designa a una ciudad fortificada. Sucesivamente se va añadiendo a este el de la familia dominante. Así, se llamará primeramente Qal'at Astarlit. Después se conocerá como Qal'at Yahsub.

Siglo IX. Durante el reinado de Al-Hakam II se construye la red de atalayas (15 en total), con la misión de defender la zona de las frecuentes incursiones de los pueblos del norte de Europa.

La supremacía del clan Banu Said hace que su nombre designe a la ciudad: Qal'at Banu Said, conocida por los cristianos como Alcalá Benzayde.

1000. Es por este tiempo cuando la primitiva atalaya del Cerro de La Mota se convierte en una auténtica fortaleza y uno de los lugares más importantes de Al-Andalus.

Siglo XI. Con la disolución del Califato de Córdoba, Qal'at se convierte en una plaza fuerte perteneciente al Reino de Granada, desde la cual se lanzan continuas algaradas contra el Reino de Jaén y los territorios cristianos.

Siglo XII. Asistimos al mayor esplendor de la ciudad durante su dominación islámica, siendo el gobernador de la Fortaleza de la Mota Abd al-Malik, llegando a ser una ciudad independiente.

1213. Nace en la ciudad Ibn Said Al-Magribí, poeta, literato e historiador y primera figura en la literatura musulmana.

El mismo año que es conquistada por primera vez por un ejército cristiano de la mano de Alfonso VIII de Castilla, aunque de forma fugaz.

Fernando III el Santo la reconquista, para perderse poco después.

Alfonso X el Sabio, con idéntico resultado.

1280. Aquí habría nacido Juan Ruíz Arcipreste de Hita, hijo de un importante cautivo cristiano.

Los musulmanes jamás habían visto un ejército semejante tras las murallas de su ciudad. El asedio es duro y el agua escasea y como dice el dicho:

"Castillo sin aljibe...
enemigo dentro"

1341. El 15 de agosto el gobernador musulmán se ve obligado a rendir la plaza ante el ímpetu del rey Alfonso XI. Inmediatamente ordena sea cambiado el nombre: Alcalá de Benzayde pasa a ser Alcalá la Real.

En su escudo se hacen figurar las banderas de Castilla y León y una llave, que simboliza su importancia estratégica y la define como la puerta y el límite con el reino granadino. Se refuerzan sus defensas y se erige la Iglesia de Santo Domingo de Silos (patrón de la población).

Poco después se inicia la construcción del principal símbolo político y religioso de Alcalá la Real: sobre las ruinas de la antigua medina, se levanta la Abadía.

1432. Juan II la eleva a la categoría de ciudad.

1481. Aquí se concentra un impresionante ejército cristiano cuando los Reyes Católicos deciden la conquista del reino nazarí.

1488. Sufre diversas incursiones y asedios por parte de soldados granadinos sin consecuencias.

1490. Es elegido como Corregidor el licenciado Bartolomé de Santa Cruz, poniéndose fin así a un conflicto surgido entre las poderosas familias nobiliarias de la ciudad por la obtención de tal distinción.

1492. Granada se rinde. Con su caída la ciudad sufre una espectacular transformación.

Deja de ser una ciudad estratégica defensiva. Se abre una segunda puerta de acceso que antes sólo estaba destinada para uso de la guardia, y sobre todo, la más importante: la población abandona el Cerro de La Mota y baja hasta el valle, abandonando la antigua seguridad de sus murallas y la escasa superficie del cerro (3 hectáreas).

1526. La tensión generada entre los procuradores de la ciudad y la monarquía desemboca en el Juramento realizado por Carlos I ante las puertas de Alcalá la Real, reconociendo los privilegios, inmunidades, gracias y mercedes otorgadas por sus antepasados ante la lealtad y el heroísmo de la ciudad.

1550. El alcalaíno Antonio de Mendoza es nombrado Virrey del Perú.

1568. Nace el 29 de diciembre en la ciudad Juan Martínez Montañés, futuro escultor barroco.

1661. En plena guerra contra Portugal, la ciudad hospeda y abastece a un gran contingente de tropas.

1808. En plena Guerra de Independencia se convierte en objetivo para los franceses, camino de Granada.

1810. Es ocupada por las tropas del general Sebastiani tras enfrentarse al ejército aliado y, después, a los propios vecinos en las calles de la ciudad. Finalmente se instalan en la Fortaleza de la Mota, sufriendo desde entonces el azote guerrillero de un labrador de la ciudad, Juan Nieto el de las Hazañas.

1812. Los franceses abandonan la ciudad, no sin antes, destruir la Iglesia Abacial e intentar hacer lo propio con la fortaleza.

1936. Alcalá la Real es tomada sin apenas resistencia por las tropas rebeldes a la II República, manteniéndose así hasta el final de la contienda sin apenas acciones bélicas en su territorio.

1967. Es declarada Conjunto Histórico-Artístico.

Actualmente se están realizando obras de reforma en la Fortaleza de La Mota.