La historia narrada a continuación está construida según la cronología de los juegos y cómo podrían haber transcurrido los hechos, puesto que existe la posible teoría de que los hermanos Mario nunca hubiesen abandonado el Reino Champiñón.

La historia de Mario y su hermano Luigi comienza en sus nacimientos con una cigüeña volando durante la noche y llevando en dos sacos a Mario Mario y Luigi Mario, conocidos por Mario Brothers para entregárselos a sus padres que recidían en el Mushroom Kingdoom o Reino Champiñón. Mientras tanto, un malvado y poderoso Magikoopa conocido como Kamek ha visto el desastre que traerán estos dos bebés a la familia koopa cuando hayan crecido a través de su bola de cristal. Para impedirlo se marcha inmediatamente a secuestrar a los bebés antes de que la cigüeña los traiga a sus padres. Sin perder un segundo Kamek se sube a su escoba voladora y vuela a gran velocidad hacia la cigüeña y en la emboscada antes del amanecer logra arrebatarle uno de los bebes en pleno vuelo. Una vez regresa a su castillo cae en la cuenta que ha olvidado al otro niño, enfurecido pide a sus secuaces, los Toadies, que encuentren al otro bebé y lo traigan de regreso al castillo.

¿Pero dónde está exactamente el otro bebé? En la isla de Yoshi, rodeado por todos sus habitantes Yoshi, donde ha caído. Parece que haya caído del cielo, y que sabe donde está su hermano levemente más joven, gracias a la comunicación especial que existe entre Yoshi y Mario y con la ayuda de un mapa, los Yoshis descubren qué es lo que ha acontecido. Sin perder más tiempo todos se dirigen a través de la isla al castillo de rey Bowser Koopa, trasportando al bebé Mario en un sistema de relevos. Tras un enfrentamiento con un Bowser muy joven consiguen liberar al otro bebé y a la cigüeña la cual consigue continua su viaje y logra entregarles los dos bebés a sus padres a tiempo. (Super Mario World 2: Yoshi's Island)

Mario y Luigi estaban a salvo con sus padres. No obstante, una noche, Kamek, que ya dijo que volvería, emprendió una nueva ofensiva. Junto a sus aliados, los Toadies decidieron secuestrar a todos los bebés del Mushroom Kingdom y se los llevaron a un recóndito castillo flotante en el espacio. Afortunadamente, el valeroso ataque de una cigüeña provoca que uno de los sicarios dejara caer a bebé Mario y bebé Peach, ambos cayeron en la isla de Yoshi. Los Yoshis encontraron a los bebés y tras una reunión, acordaron que debían ayudarlos. Se llevaron a los dos bebés con ellos y emprendieron una aventura para libertar a los bebés perdidos. Sin embargo, esta vez no tendrían que cargar sólo con Mario, puesto que, aparte de Peach, los Yoshis deberían cuidar a otros bebés como Baby Wario, Baby Donkey Kong y Baby Bowser.

Se revela que el Bowser del futuro anduvo detrás de los siete niños estrella, niños jóvenes que poseían una estrella mágica en ellos. Si alguien recolectaba todas las estrellas gobernaría el mundo. La esperanza de Bowser y Kamek era localizar a los siete que tenían estrellas dentro de ellos. Kamek, usando una Bola de cristal, comprobó a cada uno de los bebés que ellos han secuestrado (a excepción del Bebé Luigi que se escondió) y averiguó que ninguno de ellos tenía dentro la estrella. Bowser se enfureció al saberlo y envío a sus secuaces para que siguiesen buscando a los bebés.

Tras una gran aventura llegaron al castillo de Bowser donde se enfrentarían contra el Rey de los Koopas. Uniendo las fuerzas lograron derrotarle, y salvaron a todos los bebés. Tras ser liberados, la cigüeña llevo a todos los niños a sus respectivas familias, excepto a Baby Wario que no tenía hogar.(Yoshi's Island DS)

Poco después, en la isla de Yoshi, Bowser, algo más viejo, esta vez sin la ayuda de Kamek, roba el Árbol de la Felicidad de los Yoshis, que mantiene la isla pacífica. El hurto provoca que el mundo quede encerrado en un libro de dibujos y debilita a todos los yoshis.

En un remoto rincón de la isla se acababan de abrir seis huevos frescos. Éstos, al ver la luz por primera vez se dieron cuenta de que algo iba mal "¡Oh cielos!". Dijo un Yoshi a otro "¡Deberíamos hacer algo al respecto!" Y tras muchas discusiones incubaron un plan. Comiendo cantidad de fruta se llenarían de felicidad. Y si todos los Yoshis eran felices, seguro que el mundo volvería a la normalidad. Y así fue como todos se dirigieron hacia la última página del libro de dibujos, el castillo de Baby Bowser. Cuando llegaron ahí reclamaron el Árbol de la Felicidad y tras un gran combate con Baby Bowser lo recuperaron. (Yoshi's Story)

Acabada de terminar esta aventura, los hermanos Mario descubren que la fontanería tenía mayor demanda en la calle, y deciden cambiar de empleo. Mientras trabajan descubren horribles criaturas en las tuberías. Un día, tratando de desatascar una tubería de una bañera fueron absorbidos por ella. Los hermanos Mario llegaron a través de la tubería al Reino Champiñón, curiosamente el lugar de su procedencia, el cual ellos desconocían.

Cuando llegan encuentran a Bowser, el rey del Koopas, quien ha invadido el Mushroom Kingdom, y ha convertido a todos los ciudadanos en piedra y ladrillos. La única que puede romper el hechizo de Bowser es la hija del Rey Champiñón, la Princesa Toadstool. Desgraciadamente ha sido secuestrada por Bowser que la mantiene prisionera en su castillo. Para hacer regresar la paz al reino. Mario al escuchar los gritos de socorro de la princesa se aventura junto a su hermano en ocho mundos repletos de peligros, con el propósito de rescatar a la princesa venciendo a Bowser y sus secuaces. (Super Mario Bros)

Una noche, Mario tuvo un sueño extraño. Soñó una larga escalera que le guiaba hasta una puerta. Tan pronto como abrió la puerta, se encontró con un mundo en el que nunca estuvo antes, expandiéndose tan lejos como sus ojos pudo ver. Cuando aguzó sus oídos para escuchar, oyó una voz cansada que decía: “Bienvenido a ‘Subcon’, el mundo de los sueños. Hemos sido maldecidos por Wart y estamos bajo su malvado hechizo. Hemos estado esperando tu llegada. Por favor, derrota a Wart y devuelve a ‘Subcon’ a la normalidad. La maldición que Wart ha puesto en el mundo real no tendrá ningún efecto aquí. Recuerda, Wart odia las verduras. ¡Por favor, ayúdenos!”

A la vez que escuchó esto, el estruendo de un rayo sacudió a Mario. Aturdido, Mario perdió el conocimiento y cayó al suelo. Entonces se despertó del sueño con la sorpresa de encontrarse en casa y en la cama. Para despejar su mente, Mario habló con Luigi, Toad y la Princesa Toadstool sobré el extraño sueño que tuvo. Deciden entonces ir a una montaña cercana para hacer un picnic. Después de llegar al área de picnic y de mirar todo el paisaje, vieron una pequeña cueva cerca. Cuando entraron a la cueva, para su grata sorpresa, se encuentran con una escalera que les conducía a lo más alto. Es exactamente la misma escalera que Mario vio en su sueño. Suben juntos la escalera hasta arriba del todo, y encuentran una puerta justamente como la del sueño de Mario. Cuando Mario y sus amigos, atemorizados, abrieron la puerta, para su sorpresa, ¡el mundo que vio Mario en su sueño se expande ante ellos!

Éste fue el comienzo de un nuevo viaje a través de las siete secciones de la tierra de sueños, batiendo nuevos enemigos, y usando nuevos artículos tales como una alfombra mágica y un corazón, que podrían hacerlos tan fuertes según conseguían. Encontraron a Wart y tras una gran lucha lo derrotan lanzándole vegetales. Rescataron a las hadas, éstas se llevaron el cuerpo aporreado de Wart para eliminarlo, encarcelarlo o bien exiliado a otra tierra. Puede que esta última opción sea la más probable dado que el mundo de sueño de Koholint Island en The Lengend of Zelda Link's Awakening aparece en una cueva. Finalmente consiguen retornar la paz a la Isla de los Sueños. (Mario Bros 2)